L'interpretazione di Akhenaton come rivoluzionario religioso ha prodotto molte speculazioni, dalle ipotesi degli specialisti fino a teorie marginali o non accademiche.
Benché sia particolarmente diffusa la popolare opinione secondo cui Akhenaton sarebbe stato uno dei primi monoteisti della storia, è più corretto dire che Akhenaton praticò l'enoteismo (o monolatria) dal momento che non risulta abbia mai negato l'esistenza di altre divinità all'infuori di Aton.
Nel 1995, commentando questa complessa questione, Cimmino ha osservato:
«Solo attraverso una forzata trasposizione dell'ideale cristiano, infatti, alcuni studiosi sono giunti a individuare nella religione dell'Aton un monoteismo assoluto; l'errore è stato di partire da una categoria di pensiero nota, cioè la nostra concezione del monoteismo, per postulare una correlazione, assai dubbia, con un fenomeno diverso dal nostro in un contesto del quale ignoriamo perfino l'esatto concetto di "dio", che quasi certamente era diverso dal nostro.»
I connotati assolutistici della elaborazione teologica di Akhenaton sembrano avere lontane ascendenze in una corrente, interna al pensiero egizio, dagli aspetti approssimativamente monoteistici: testi risalenti anche alle epoche più antiche della storia egizia nominano "dio".
È altresì vero che ogni divinità locale, o localmente assai venerata, era concepita e definita, durante le azioni liturgiche, come primordiale, originaria e anteriore a ogni cosa creata, superiore a tutti gli altri dei; numerose iscrizioni, tombali e templari, menzionano "dio" al singolare, in espressioni apparentemente monoteistiche, solo per poi aggiungere i nomi di altri dei: è il caso, ad esempio, di un inno a Iside nel Tempio di Dendera.
Aton era concettualmente simile agli altri dei (aveva infatti una pacifica collocazione nel pantheon egizio molto tempo prima di Akhenaton), ma unico nell'essenza e collettivo in prerogative e attributi; il suo culto avrebbe attirato astio e critiche solo a partire dall'insistenza di Akhenaton nel ribadirne l'unicità, assai più di quanto tale unicità non fosse già normalmente attribuita, a seconda dei luoghi, a Ra, Ptah o Amon stesso.
«Il Grande Inno ad Amon [...] parla anch'esso di Amon come dell'unico dio, ma lo paragona a Ptah, Min, Ra, Khepri-Ra ed Atum. In esso Amon viene apostrofato come il solo e unico dio dalle cui lacrime hanno avuto origine gli uomini e dalla cui bocca gli dei ebbero l'esistenza, identificandolo così nello stesso alito insieme ad Atum e Ptah.»
Akhenaton non incorporò tutte le divinità tradizionali nella sola entità dell'Aton (come nel caso del succitato inno a Iside nel Tempio di Dendera); invece, incluse in Aton una sintesi delle prerogative delle altre divinità solari, tralasciandone completamente i miti, gli attributi, le immagini fisiche.
È verosimile che tale semplificazione in un'entità impalpabile, di difficile comprensione e quasi aniconica abbia contribuito alla caduta finale del culto di Aton.
Il legame tra Aton e Ra, il dio del sole fin dai periodo predinastico, merita una menzione speciale: di fatto, non sembra che Akhenaton sia pienamente riuscito a emancipare l'Aton dalla pervasiva presenza di Ra nella teologia, e nel Papiro Bulaq 17, risalente al regno di Amenofi II, bisavolo di Akhenaton, Ra viene esaltato in termini assai simili a quelli del Grande inno ad Aton.
Nella concezione religiosa di Akhenaton gli dei Shu e Tefnut conservarono un ruolo particolare: Akhenaton affermò che Shu risiedeva nel disco solare, trovando posto nella sua nuova dottrina per questo dio e per la sua compagna Tefnut come aspetti del dio della luce e icone della coppia reale. In alcune statue risalenti all'inizio del loro regno, Akhenaton e la sua grande sposa reale Nefertiti compaiono nelle vesti di Shu e Tefnut.
Apparentemente, Akhenaton era riluttante a venerare divinità diverse da Aton, aspettandosi inoltre che il popolo non venerasse Aton bensì, "per interposta persona", il faraone medesimo quale unico mediatore tra gli uomini e il dio.

Il Grande tempio di Aton ad Akhetaton: Akhenaton, assistito da Nefertiti e dalle figlie, fa offerte ad Aton su un altare all'aria aperta.
Disegno di un rilievo nella tomba del funzionario Merira II ad Amarna.
Riforma artistica
Alla rivoluzione religiosa si affiancò anche un graduale (ma sempre più marcato) stravolgimento dei canoni artistici tradizionali; tale riforma artistica è denominata "stile di Amarna", e segnò una parentesi molto interessante all'interno della plurimillenaria arte egizia.
Si passò dallo stile idealizzato, severo e ieratico dei monumenti a un curioso ed impietoso naturalismo, non esente da lampi di tenerezza (come si nota, per esempio, nella stele che raffigura Nefertiti con le figlie bambine).
Prima della riforma di Akhenaton, l'arte egizia si basava su canoni tradizionali; le rappresentazioni in rilievi e pitture murali avevano le seguenti caratteristiche:
- la scuola tradizionale non si serviva della prospettiva nelle rappresentazioni murali, e le dimensioni dei personaggi ne esprimevano esclusivamente il grado di importanza.
- la figura umana era così elaborata: testa, braccia e gambe di profilo, ma occhi e torace in posizione frontale, il tutto modulato su una "griglia" ideale, le unità della quale erano sempre strettamente osservate per le proporzioni dei volumi.
Con Akhenaton si abbandonò il canone tradizionale della rappresentazione del corpo umano, ispirato a una nuova "griglia" nella quale le figure occupano più unità, soprattutto in altezza; questa modifica rimase con i suoi immediati successori.
Nelle immagini, in generale, fu impresso un maggiore naturalismo fino a raggiungere conseguenze impietose.
Abbandonata completamente l'immagine idealizzata, priva di difetti fisici, si procedette nella direzione opposta, sottolineando anche in misura estrema i difetti[; la testa esageratamente allungata nella parte posteriore, occhi a mandorla, labbra rigonfie, mandibole prominenti, colli lunghi e stilizzati, ventri sporgenti e cascanti con sagome talmente arrotondate da rendere difficile l'individuazione del sesso del personaggio.

Il teschio della salma della tomba KV55, probabilmente di Akhenaton - (Museo egizio, Il Cairo)
Quest'ultima caratteristica ha suggerito ad alcuni studiosi del XIX secolo che tali rilievi e sculture rappresentassero i sintomi di una malformazione del sovrano, che gli avrebbero fatto sviluppare un corpo dai tratti femminili, con un bacino ampio e arti sottili, teoria che nel XX secolo si incentrò su una possibile sindrome di Marfan del sovrano (vedi il paragrafo Teorie speculative, sottotitolo Possibili malattie).
Oggi, gli storici e gli archeologi stimano che le immagini deformate del re come mere rappresentazioni artistiche, dal momento che non esistono prove sufficienti per determinarne una malattia cronica. Inoltre, tali deformazioni coinvolgono tutte le persone, non solo Akhenaton e i suoi famigliari, e perfino gli oggetti: i nastri posti sul retro della corona assumono una forma allungata e affusolata proprio come le dita delle mani e dei piedi.
Con la scoperta della tomba di Tutankhamon, nel 1922, si è potuto osservare che il cranio della mummia del faraone adolescente è effettivamente allungato (sebbene non drasticamente) come nelle figurazioni di Akhenaton, Nefertiti e delle loro figlie.
Di conseguenza, si è anche ipotizzato che questa tipologia di creazioni artistiche riflettesse attributi condivisi da membri della famiglia reale, con l'intento di offrire un'immagine unitaria della regalità[109]. Lo studio del probabile scheletro di Akhenaton ha rivelato un corpo perfettamente sviluppato e dai tratti mascolini. Il sovrano fu probabilmente rappresentato con tratti androgini in quanto divinità, associato quindi al mito creatore e, di conseguenza, né uomo né donna egli medesimo.
Fra le innovazioni dell'arte amarniana rientrò anche un deciso mutamento dei temi delle opere. Una volta eliminati i temi religiosi tradizionali, dal momento che Aton era un dio astratto, simboleggiato dal semplice disco solare e mai incarnato in figura umana o animale, ebbero una grande diffusione le scene della vita famigliare della coppia reale con le figlie, in pose intime e affettuose.
L'iconografia tradizionale del monarca intento a schiacciare e abbattere i propri nemici fu sostituita da due immagini nell'atto di adorare Aton e presentargli offerte insieme alla famiglia o con la sola grande sposa reale, in un'atmosfera molto più raccolta. Lo scultore capo Bek lasciò notizia che Akhenaton in persona chiese agli artisti di esprimere la realtà che vedevano; quindi furono raffigurate anche scene prese dalla vita animale, come un cane da caccia che rincorre una preda in fuga o un toro selvaggio che salta in mezzo a piante di papiro.
Di tutte le implicazioni del regno di Akhenaton, quelle artistiche si rivelarono le più durevoli, sopravvivendo alla sua morte.
La sua concezione politica, infatti, morì con lui.
Dopo i brevissimi regni di Neferneferuaton e Smenkhara, la corte fece ritorno a Tebe con Tutankhamon.
Per quanto riguarda le sue idee religiose, anche queste morirono insieme a lui.
Solo le riforme artistiche gli sopravvissero per qualche tempo, sebbene attenuate e molto distanti dagli esiti più eccentrici, e tracce di questo stile si possono riconoscere nella produzione artistica sotto Tutankhamon, Ay e Horemheb[.
Quando, alla morte di quest'ultimo, la XIX dinastia prese il potere, il ritorno all'ortodossa arte tradizionale fu portato a compimento.